Marmaraereğlisi Meslek Yüksekokulu, 17/03/1994’te 567 sayılı YKK ile Trakya Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı olarak kurulmuş ve 1994-1995 Akademik yılında eğitime başlamıştır. Önce İktisadi ve İdari Programlar bölümüne bağlı Büro Yönetimi ve Yönetici Asistanlığı ile Turizm ve Otel İşletmeciliği programı faaliyete geçmiştir. 2004-2005 Akademik yılından itibaren Muhasebe ve Vergi Uygulamaları Programını da eğitime açmıştır. Daha sonra 1/3/2006 tarih ve 5467 sayılı Kanun Ek Madde: 62 ile, Yüksekokul Namık Kemal Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlanmıştır.