Fakülte, Trakya Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak Diş Hekimliği ile Eczacılık Fakültesi kurulmasına dair; Milli Eğitim Bakanlığının 28 / 07 2011 tarih ve 15433-13434 sayılı yazıları üzerine, 28 / 03/ 1983 tarihli ve 2809 sayılı kanunun Ek 30.maddesine göre, Bakanlar kurulunca 26/08/2011 tarih ve 2239 sayısı ile kararlaştırılmış olup 24 ekim 2011 tarih ve 28094 sayılı resmi gazetede yayınlanmasıyla kurulmuştur.
Fakülte bünyesinde Temel Eczacılık Bilimleri, Eczacılık Meslek Bilimleri ve Eczacılık Teknolojisi bölümleri bulunmaktadır. Ayrıca Sağlık Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak Farmasötik Nanoteknoloji ve Temel Eczacılık Bilimleri Yüksek Lisans programları da sürdürülmektedir.
Fakülte ilk kez 2013-2014 Eğitim Öğretim yılında öğrenci alarak, Eğitim Öğretime başlamıştır.