Trakya Üniversitesi Uzunköprü Meslek Yüksekokulu, Yükseköğretim Kurulu’nun 31.03.1994 tarih ve 933-8179 sayılı kararıyla, 1994-1995 Eğitim-öğretim yılında Muhasebe ve Pazarlama Programları ile Uzunköprü Öğretmen evinde eğitim- öğretime başlamıştır.
1996-1997 Eğitim-öğretim yılında Büro Yönetimi ve Sekreterlik, 2004-2005 Eğitim-öğretim yılında Kooperatifçilik, 2005-2006 Eğitim-öğretim yılında İşletme programları açılmıştır.
Meslek Yüksekokuluna bağlı olarak Meriç İlçesinde 2005-2006 Eğitim-öğretim yılında Maliye, 2006-2007 Eğitim-öğretim yılında Yerel Yönetimler programları açılmıştır. 2008-2009 Eğitim-öğretim yılında Maliye Programı Uzunköprü’ye alınmıştır.
İkinci öğretim uygulamaları 2007-2008 Eğitim-öğretim yılında Muhasebe ve Pazarlama programları ile başlamıştır. 2008-2009 Eğitim-öğretim yılında Maliye programına öğrenci alınmıştır.
Uzunköprü Meslek Yüksekokulu 2003-2004 Eğitim-öğretim yılından itibaren yeni hizmet binasında eğitim-öğretimini sürdürmektedir.