İpsala Gümrük Sahasının fiziki yapısının yetersiz, bina ve donanımlarının eskimiş olması nedeniyle, Müsteşarlıkça Yap-İşlet-Devret modeliyle yeniden modernize edilmiş ve yeni haliyle 29.09.2002 tarihinde faaliyete geçmiştir. Yeni saha toplam 105.000 metrekare alan üzerine kuruludur.
Gümrük sahası giriş ve çıkış olmak üzere iki ayrı bölümden oluşmaktadır. Yolcu ve tır işlemleri beşer adet peronda yürütülmektedir. Giriş bölümünde bir adet sabit x-ray ve bir adet yolcu bagaj x-ray'ı bulunmaktadır. Ayrıca sahada bir adet freeshop ve alışveriş merkezi mevcuttur.