16. yüzyılın sonlarında Batı Trakya'nın Doğanhisar kentinden birkaç Bulgar aile tarafından kuruldu. O zamanlar köy olan yerleşimin adı, 1877 yılı kayıtlarında Bulgarköy olarak geçmektedir.

1928 yılında şimdiki adını alan Yenimuhacir, 1912'deki I. Balkan Savaşı sırasında Bulgar işgaline uğradı. 1913 yılındaki II. Balkan Savaşı'nda, Yunanistan Sofulu ve köylerinde yaşayan halkın göç etmesi ile muhacir Türkler tarafından yeniden kuruldu. Temmuz 1920 de Tekirdağ'a çıkarma yapan Yunan ordusu tarafından Keşan ve köyleri işgal edilirken Yenimuhacir köyü de aynı akıbete uğradı. Yunan işgali, 19 Kasım 1922'de Binbaşı Mehmet Bey komutasındaki bir taburun Malkara üzerinden gelip ilçe ve köylerini kurtarması ile son buldu.

9 Aralık 1988 tarihinde tarihinde beldeye çevrilen köyde belediye teşkilatı kuruldu.