Edirne il merkezine 132 km , İpsala ilçe merkezine ise 12 km uzaklıktadır. Yenikarpuzlu beldesi bir ovanın kenarında küçük bir tepe üzerinde kurulmuştur. Doğusunda Koyuntepe, kuzeydoğusunda Kumdere köyü, kuzeyinde Paşaköy, Batısında Yunanistan sınırını teşkil eden Meriç Nehri, güneyinde de Enez ilçesi bulunur.

Yenikarpuzlu Kasabası 1877 yılında Yunanistan ve Bulgaristan’dan gelerek yöreye yerleşen Pomaklar tarafından kurulmuştur. İlk adı Müsellim Cedit, daha sonra Karpuzlu ve en son Yenikarpuzlu olmuştur.