Στα τέλη του 16ου αιώνα, ιδρύθηκε από μερικές οικογένειες Βουλγάρων από την πόλη Δογάνοχισαρ της Δυτικής Θράκης. Το όνομα του οικισμού, που τότε ήταν χωριό, αναφέρεται στα αρχεία του 1877 ως Βουλγάρκιοϊ.

Το 1928, το χωριό πήρε το σημερινό του όνομα, Γενίμουχατζίρ, και το 1912, κατά τον Α' Βαλκανικό Πόλεμο, υπέστη βουλγαρική κατοχή. Κατά τον Β' Βαλκανικό Πόλεμο το 1913, επανιδρύθηκε από Τούρκους πρόσφυγες, λόγω της μετανάστευσης των κατοίκων της Σωφλί και των γύρω χωριών στην Ελλάδα. Τον Ιούλιο του 1920, όταν ο ελληνικός στρατός που αποβιβάστηκε στην Ραιδεστό κατέλαβε την Κεσάνη και τα γύρω χωριά, το Γενίμουχατζίρ είχε την ίδια μοίρα. Η ελληνική κατοχή έληξε στις 19 Νοεμβρίου 1922, όταν ένα τάγμα υπό τη διοίκηση του Μπινμπατζή Μεχμέτ Μπέη ήρθε από το Μάλκαρα και απελευθέρωσε την επαρχία και τα χωριά.

Στις 9 Δεκεμβρίου 1988, το χωριό ανακηρύχθηκε σε δήμο και δημιουργήθηκε δημοτική αρχή.