Δεν υπάρχουν γραπτές πηγές ή έγγραφα σχετικά με την ιστορία της κωμόπολης Μπεγκέντικ, επειδή είναι ένας μικρός οικισμός. Στις υπάρχουσες πηγές υπάρχουν πληροφορίες για την Κεσάνη, αλλά σε αυτές αναφέρεται μόνο το όνομα της Μπεγκέντικ.

Σύμφωνα με την παράδοση, όταν ο Λαλά Σαχίν Πασάς κατέκτησε τα Βαλκάνια και επισκέφθηκε την Κεσάνη, πέρασε και από τη Μπεγκέντικ. Καθώς έφτανε στη Μπεγκέντικ από την κατεύθυνση της Κεσάνης, σταμάτησε δίπλα στο μοναστήρι που βρίσκεται στα αριστερά. Κοιτάζοντας το χωριό, ο Λαλά Σαχίν Πασάς είπε: 'Μου αρέσει πολύ αυτό το μέρος. Το όνομά του να είναι Μπεγκέντικ'. Έτσι, από εκείνη την ημέρα, το όνομα του τόπου αυτού παρέμεινε Μπεγκέντικ.

Το χωριό Μπεγκέντικ ήταν ελληνικό χωριό τη δεκαετία του 1900. Σύμφωνα με αυτά που έχουν πει οι Έλληνες που ζούσαν εδώ παλαιότερα, το είχαν ονομάσει στα ελληνικά με την έννοια του ήρωα ή του παλικαριού. Μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο, οι κάτοικοι της περιοχής μετανάστευσαν εδώ από την Ελλάδα και τη Βουλγαρία και έδιωξαν τους Έλληνες. Σήμερα, η Μπεγκέντικ είναι πλήρως τουρκική και μουσουλμανική.

Η Μπεγκέντικ διοικούνταν από κοινοτάρχη με την ίδρυση της Δημοκρατίας. Το 1969 έγινε δήμος και χωρίστηκε σε τρεις μεγάλες συνοικίες. Η Μπεγκέντικ είναι η πρώτη κωμόπολη της Κεσάνης που έγινε δήμος.