Няма писмен документ или извор за историята на град Бегендик, защото е малко населено място. Сведения за Кесан има и в откритите източници. В тези източници обаче се споменава само името на Бегендик.

Според легендата, когато Лала Шахин паша завладял Балканите и се отбил при Кесан, той също дошъл в Бегендик. Когато дойде в Бегендик откъм Кесан, той остана до манастира отляво. Лала Шахин паша погледна селото и каза: „Много ми харесва това място. Нека го наречем Бегендик.“ От този ден нататък името на това място остава Бегендик.

Село Бегендик е гръцко село през 1900 г. Според разказите на гърците, които са живели тук, те са го нарекли на юнак или на гръцки младеж. След Първата световна война жителите на града се преселват тук от Гърция и България и изселват гърците от тук. В момента целият Бегендик е турски и мюсюлмански.

След обявяването на Републиката Бегендик е управляван от мухтар. Става община през 1969 г. и е разделена на три големи квартала. Бегендик е първият град на Кесан, който става община.