Doğuda Pınarhisar'a doğru uzanan düz bir ova, batıda eski bağlık sırtları, kuraklığa dayanıklı meyvelikler ve güneye doğru uzanan meşe ormanları Kaynarca'nın batısını çevreler. Kuzeyinde Yıldız dağlarının uzantısı olan Mahya dağı 1030 m yüksekliği olup, etekleri Kaynarca Kasabasının yakınlarına kadar uzanmaktadır. Kuzey doğuya gittikçe Kurudere ormanları bulunur. Güneyde düzlük tarım arazileri mevcuttur. Bu arazi 3.5 km kadar güneye doğru uzanır. Deniz seviyesine göre en alçak nokta 200 m, en yüksek noktası 254 m'dir.

Kasaba içerisinden kaynayan dört büyük ve sekiz küçük kaynak suyu birleşerek Kaynarca Deresini oluşturur. Bu dere saniyede 1200 litre su akıtır. Dere, araziyi ve Çukura denilen bölgeyi 1975 yılına kadar çeltik için suluyordu. Daha sonraları Çeltik ekiminin zorluğu ve kazancının azlığı nedeni ile bu arazilerde fasulye, pancar, havuç ve salatalık yetiştirilmeye başlanılmıştır. Kaynarca fasülyesi ünlüdür. Batısında Yıldız dağlarında eriyen kar sularının meydana getirdiği Çayır Deresi vardır.