В края на XVI век няколко български семейства от град Доганхисар в Западна Тракия основават селото. По това време името на селището, което е било село, се споменава в регистрите от 1877 г. като Булгаркьой.

През 1928 г. селището получава сегашното си име Йенимухаджир и през 1912 г., по време на Балканската война, попада под българска окупация. През 1913 г., по време на Втората Балканска война, то е възстановено от турски имигранти след миграцията на населението от област Софлу в Гърция и околните села. През юли 1920 г., когато гръцката армия окупира Кешан и околните села, след като извършва десант в Текирдаг, Йенимухаджир също е засегнат от същата съдба. Гръцката окупация приключва на 19 ноември 1922 г., когато майор Мехмет бей, командир на батальон, пристига от Малкара и освобождава района и селата.

На 9 декември 1988 г. селото е преобразувано в община и е създадена общинска администрация.