На изток се простира равна равнина към Пънархисар, на запад са стари лозови хълмове, овощни градини, устойчиви на суша, и дъбови гори, простиращи се на юг, обграждат западната част на Кайнарджа. На север се намира връх Махя, който е част от планината Странджа, с височина 1030 м, чиито подножия достигат близо до селището Кайнарджа. На североизток са горите на Курудере. На юг се простират равнинни земеделски площи с дължина около 3,5 км на юг. Най-ниската точка над морското равнище е 200 м, а най-високата точка е 254 м.

Четири големи и осем малки източника в селището се съединяват, за да образуват река Кайнарджа, която осигурява поток от 1200 литра вода в секунда. Реката е използвана за напояване на оризовите полета и района, наречен Чукур, до 1975 г. Впоследствие, поради трудностите при отглеждането на ориз и ниската рентабилност, на тези площи започват да се отглеждат фасул, захарно цвекло, моркови и краставици. Фасулът от Кайнарджа е известен. На запад се намира река Чаир, образувана от топящите се снегове на планината Странджа.